Login
Introduction
Technical Documentation
Tasks
Version

Db creator

TASK
Typing name :  TASK.gws_biota.DbCreator Brick :  gws_biota v Parent : 

Base class

Configuration

go_file

Optional

Type : stringDefault value : ./go/go.obo

sbo_file

Optional

Type : stringDefault value : ./sbo/sbo.obo

eco_file

Optional

Type : stringDefault value : ./eco/eco.obo

chebi_file

Optional

Type : stringDefault value : ./chebi/obo/chebi.obo

bto_file

Optional

Type : stringDefault value : ./brenda/bto/bto.json

pwo_file

Optional

Type : stringDefault value : ./pwo/pwo.obo

brenda_file

Optional

Type : stringDefault value : ./brenda/brenda/brenda_download.txt

bkms_file

Optional

Type : stringDefault value : ./bkms/Reactions_BKMS.csv

protein_file

Optional

Type : stringDefault value : ./uniprot/uniprot_sprot.fasta

ncbi_node_file

Optional

Type : stringDefault value : ./ncbi/taxdump/nodes.dmp

ncbi_name_file

Optional

Type : stringDefault value : ./ncbi/taxdump/names.dmp

ncbi_division_file

Optional

Type : stringDefault value : ./ncbi/taxdump/division.dmp

ncbi_citation_file

Optional

Type : stringDefault value : ./ncbi/taxdump/citations.dmp

expasy_enzclass_file

Optional

Type : stringDefault value : ./expasy/enzclass.txt

rhea_reaction_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/rhea-reactions.txt

rhea_direction_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea-directions.tsv

rhea2ecocyc_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea2ecocyc.tsv

rhea2metacyc_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea2metacyc.tsv

rhea2macie_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea2macie.tsv

rhea2kegg_reaction_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea2kegg_reaction.tsv

rhea2ec_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea2ec.tsv

rhea2reactome_file

Optional

Type : stringDefault value : ./rhea/tsv/rhea2reactome.tsv

reactome_pathways_file

Optional

Type : stringDefault value : ./reactome/ReactomePathways.txt

reactome_pathway_relations_file

Optional

Type : stringDefault value : ./reactome/ReactomePathwaysRelation.txt

reactome_chebi_pathways_file

Optional

Type : stringDefault value : ./reactome/ChEBI2Reactome.txt